Vendredi, Leondios Kostrikis, professeur de sciences biologiques à l’Université de Chypre et chef du laboratoire de biotechnologie et de virologie moléculaire, a déclaré à Sigma TV, chaîne de télévision privée chypriote, qu’« il [existait] actuellement des co-infections Omicron et Delta ».
A la suite de cette annonce, qui n’a pas manqué de faire réagir, une grande partie de la communauté scientifique s’est montrée sceptique. « On va écarter prochainement » l’hypothèse d’une recombinaison, a par exemple déclaré l’épidémiologiste à l’Institut Pasteur et membre du Conseil Scientifique Arnaud Fontanet, sur RMC, ce lundi.
Plusieurs chercheurs ont souligné qu’il était impossible de retrouver une lignée unique à la grosse vingtaine d’échantillons supposés de « Deltacron ». On peut en effet reconstituer, à partir de bases de données alimentées par les chercheurs, l’arbre généalogique, dit « phylogénétique », d’une version du virus. Or, si « Deltacron » existait et marquait l’arrivée d’un nouveau variant, les cas recensés proviendraient d’un tronc commun de mutations successives.
Ce n’est manifestement pas le cas et les chercheurs sceptiques émettent une hypothèse plus prosaïque : des échantillons se seraient contaminés lors de leur examen en laboratoire. «’Deltacron’ vient sûrement d’une contamination lors du séquençage », a avancé ce lundi sur Twitter la chercheuse Maria Van Kerkhove, qui dirige la lutte contre le Covid à l’Organisation mondiale de la Santé (OMS).
Une autre « fusion » supposée de deux maladies a beaucoup fait parler ces derniers temps : « Flurona ». Si certains le présentent comme un nouveau virus, il s’agit en fait d’une co-infection simultanée à la grippe (« flu » en anglais) et au coronavirus. Ici, pas de recombinaison de deux virus, simplement le développement concomitant de deux maladies différentes.
En revanche, les cas de recombinaisons sont très courants avec les virus grippaux. Cela arrive lorsqu’une même cellule d’un patient est infectée en même temps par deux virus différents de la grippe. Ces deux variants du virus de la grippe peuvent alors se rencontrer, et former une forme hybride inédite du virus, combinant des caractéristiques génétiques de l’un et de l’autre.
Les coronavirus sont également réputés pour être sujets aux recombinaisons. Ainsi l’écrivaient des chercheurs britanniques en mars 2021, dans une étude faisant état d’une recombinaison du Sars-Cov-2, le coronavirus actuel. Ils rapportaient alors avoir découvert une recombinaison entre le variant britannique (renommé depuis Alpha) et le variant californien (Epsilon). Une recombinaison rare, qui n’avait eu aucun impact sur l’épidémie.
